vasp_tools/disp_calc

   1 #!/bin/bash
   2
   3 file=$1
   4 init=$2
   5 atom=$3
   6
   7 if [ -n "$4" ]; then
   8 ref=$4
   9 else
  10 ref=$atom
  11 fi
  12 echo "atom number $ref is used as a reference ..."
  13 echo
  14
  15 scale=`sed -n 2p $file`
  16
  17 X1=`sed -n 3p $file | awk '{ print $1 }'`
  18 X2=`sed -n 3p $file | awk '{ print $2 }'`
  19 X3=`sed -n 3p $file | awk '{ print $3 }'`
  20
  21 Y1=`sed -n 4p $file | awk '{ print $1 }'`
  22 Y2=`sed -n 4p $file | awk '{ print $2 }'`
  23 Y3=`sed -n 4p $file | awk '{ print $3 }'`
  24
  25 Z1=`sed -n 5p $file | awk '{ print $1 }'`
  26 Z2=`sed -n 5p $file | awk '{ print $2 }'`
  27 Z3=`sed -n 5p $file | awk '{ print $3 }'`
  28
  29 export X1 X2 X3
  30 export Y1 Y2 Y3
  31 export Z1 Z2 Z3
  32
  33 ((offset=8))
  34
  35 echo "final:"
  36 echo "scale: $scale"
  37 echo "X: $X1 $X2 $X3"
  38 echo "Y: $Y1 $Y2 $Y3"
  39 echo "Z: $Z1 $Z2 $Z3"
  40
  41 ((line1=atom+offset))
  42
  43 temp="`sed -n ${line1}p $1`"
  44 xa=`echo $temp | awk '{ print $1 }'`
  45 ya=`echo $temp | awk '{ print $2 }'`
  46 za=`echo $temp | awk '{ print $3 }'`
  47 echo "(x,y,z) = $xa $ya $za $scale"
  48
  49 results=`echo "$xa $ya $za $scale" | \
  50         awk ' \
  51         BEGIN {
  52                 X1=ENVIRON["X1"]; X2=ENVIRON["X2"]; X3=ENVIRON["X3"]
  53                 Y1=ENVIRON["Y1"]; Y2=ENVIRON["Y2"]; Y3=ENVIRON["Y3"]
  54                 Z1=ENVIRON["Z1"]; Z2=ENVIRON["Z2"]; Z3=ENVIRON["Z3"]
  55         }
  56         {
  57                 X=sqrt(X1^2+X2^2+X3^2)
  58                 Y=sqrt(Y1^2+Y2^2+Y3^2)
  59                 Z=sqrt(Z1^2+Z2^2+Z3^2)
  60                 x=$1*X
  61                 if(x>1.0)
  62                         x-=1.0;
  63                 if(x<-1.0)
  64                         x+=1.0;
  65                 y=$2*Y
  66                 if(y>1.0)
  67                         y-=1.0;
  68                 if(y<-1.0)
  69                         y+=1.0;
  70                 z=$3*Z
  71                 if(z>1.0)
  72                         z-=1.0;
  73                 if(z<-1.0)
  74                         z+=1.0;
  75
  76                 print x*$4 " " y*$4 " " z*$4
  77         }'`
  78
  79 xf=`echo $results | awk '{ print $1 }'`
  80 yf=`echo $results | awk '{ print $2 }'`
  81 zf=`echo $results | awk '{ print $3 }'`
  82 echo "---> $xf $yf $zf"
  83
  84 file=$init
  85
  86 scale=`sed -n 2p $file`
  87
  88 X1=`sed -n 3p $file | awk '{ print $1 }'`
  89 X2=`sed -n 3p $file | awk '{ print $2 }'`
  90 X3=`sed -n 3p $file | awk '{ print $3 }'`
  91
  92 Y1=`sed -n 4p $file | awk '{ print $1 }'`
  93 Y2=`sed -n 4p $file | awk '{ print $2 }'`
  94 Y3=`sed -n 4p $file | awk '{ print $3 }'`
  95
  96 Z1=`sed -n 5p $file | awk '{ print $1 }'`
  97 Z2=`sed -n 5p $file | awk '{ print $2 }'`
  98 Z3=`sed -n 5p $file | awk '{ print $3 }'`
  99
 100 export X1 X2 X3
 101 export Y1 Y2 Y3
 102 export Z1 Z2 Z3
 103
 104 ((offset=8))
 105
 106 echo
 107 echo "initial:"
 108 echo "scale: $scale"
 109 echo "X: $X1 $X2 $X3"
 110 echo "Y: $Y1 $Y2 $Y3"
 111 echo "Z: $Z1 $Z2 $Z3"
 112
 113 ((line1=ref+offset))
 114
 115 temp="`sed -n ${line1}p $file`"
 116 xa=`echo $temp | awk '{ print $1 }'`
 117 ya=`echo $temp | awk '{ print $2 }'`
 118 za=`echo $temp | awk '{ print $3 }'`
 119 echo "(x,y,z) = $xa $ya $za $scale"
 120
 121 results=`echo "$xa $ya $za $scale" | \
 122         awk ' \
 123         BEGIN {
 124                 X1=ENVIRON["X1"]; X2=ENVIRON["X2"]; X3=ENVIRON["X3"]
 125                 Y1=ENVIRON["Y1"]; Y2=ENVIRON["Y2"]; Y3=ENVIRON["Y3"]
 126                 Z1=ENVIRON["Z1"]; Z2=ENVIRON["Z2"]; Z3=ENVIRON["Z3"]
 127         }
 128         {
 129                 X=sqrt(X1^2+X2^2+X3^2)*$4
 130                 Y=sqrt(Y1^2+Y2^2+Y3^2)*$4
 131                 Z=sqrt(Z1^2+Z2^2+Z3^2)*$4
 132                 print $1*X " " $2*Y " " $3*Z
 133         }'`
 134
 135 xi=`echo $results | awk '{ print $1 }'`
 136 yi=`echo $results | awk '{ print $2 }'`
 137 zi=`echo $results | awk '{ print $3 }'`
 138 echo "---> $xi $yi $zi"
 139
 140 echo
 141 echo -en "displacement: "
 142 echo $xf $yf $zf $xi $yi $zi | awk '{ print $1-$4 " " $2-$5 " " $3-$6 }'
 143 echo
 144