run

   1 [ ! -d $1 ] && mkdir $1
   2 ./clean $1
   3 ./sic $@
   4 if [ "$?" == "0" ]; then
   5         #./perms
   6         if [ "$1" ] ; then
   7                 #./visualize -w 640 -h 480 -d $1
   8                 ./visualize -w 640 -h 480 -d $1 -nll -2.4 -2.4 -2.4 -fur 3.8 3.8 3.8 -b -2.03 -2.03 -2.03 3.39 3.39 3.39 -r 0.6 -c 1.5 -15.0 1.5
   9                 #rasmol -32 -nodisplay < $1/visualize.scr > /dev/null 2>&1
  10                 ./ppm2avi $1
  11         fi
  12 fi