TODO.txt

   1 interstitial simulations
   2 ************************
   3
   4   DOUBLECHECK with PARCAS !!!!
   5
   6   - visualize md.movie (converter tool - maybe good!)
   7   - more checking ...
   8
   9 implement
  10 *********
  11
  12  - improve ins_m_atoms (merge to general ins_atoms function maybe)
  13  - clean up mdrun
  14  - introduce/improve fill command (multiple fills)
  15
  16  - check virial calc, where does the - come from?
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  18  - angular distribution
  19  - structfactoranalyze (see nordlund paper)
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  21  - filled atoms need atom attrib?!?!? or aattr pre prerun
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  23  - bond_analyze to dump xyz file of atoms
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  25  - make it parallel! (mpi/openmp) <- email to ralfu (asap)
  26    * openmp: doch auf verlet listen (pointer problem!)
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  28  - optimize code!
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  30    * 6.56
  31    * -> 6.16 (albe_potential_force_calc) unoptimized
  32    * -> 7.05 first variable optimization
  33    * -> 5.53 2nd variable mod (moving out of blocks)
  34    * -> 5.12 source c files (orig albe) /wo float-store (otherwise 9.x)
  35    * -> 5.00 source c, fpu_set() (orig albe)
  36    * -> 5.04 source c, fpu_set() (albe fast) (same w -finline-functions)
  37    * -> 4.55 source c, fpu(), albe orig, fast-math ;)
  38    * -> 4.12 source c, fpu(), albe fast
  39    * -> 4.06 source c, fpu(), albe fast, arch opts
  40    * -> 3.54 ^ + c,d,h,gamma opts
  41    * -> 3.50 ^ + static lists
  42    * -> 3.37 source c, albe f, arch opts, c,d,h,gamma
  43              + lowmem lists (test for bigger + atoms!)
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  45    todo:
  46     - listen ! estimate time
  47     - more in fast (also think about -> 'type')
  48     - algo! (though i don't believe!)
  49     - inline
  50     - openmp (num_thread copies of neighbour_i)
  51       + pthreads (simultaneously!)
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  53 simulation runs
  54 ***************
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  56 - cryst simulations: reasonable pctrl?
  57 - even higher temperatures
  58 - tctrl only in outer regions
  59 - cryst of molten area with cryst area next to it
  60 - only 1 atom per timestep
  61 - EXTENDED C-C cutoff
  62 - different sized SiC prec in Si (4:5! diff temperatures)
  63 - more interstitial combinations
  64 - melting exps (both, anneal + interface method)
  65 - characterize interstitials by PCF, then inc temperature
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  67 learn
  68 *****
  69
  70 - ab initio / dft itself (find good docs)
  71 - checkout abinit in the same time
  72 - checkout thight binding
  73 - of course md theory!
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  75 write
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  78 - results >> thesis!
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