double volume; /* volume of sim cell (dim.x*dim.y*dim.z) */
/* potential force function and parameter pointers */
- int (*func1b)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai);
- int (*func2b)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
- int (*func3b_j1)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
- int (*func3b_j2)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
- int (*func3b_j3)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
- int (*func3b_k1)(struct s_moldyn *moldyn,
- t_atom *ai,t_atom *aj,t_atom *ak,u8 bck);
- int (*func3b_k2)(struct s_moldyn *moldyn,
- t_atom *ai,t_atom *aj,t_atom *ak,u8 bck);
+ int (*func_i0)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai);
+ int (*func_j0)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
+ int (*func_j0_k0)(struct s_moldyn *moldyn,
+ t_atom *ai,t_atom *aj,t_atom *ak,u8 bck);
+ int (*func_j0e)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
+ int (*func_j1)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
+ int (*func_j1_k0)(struct s_moldyn *moldyn,
+ t_atom *ai,t_atom *aj,t_atom *ak,u8 bck);
+ int (*func_j1c)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
+ int (*func_j1_k1)(struct s_moldyn *moldyn,
+ t_atom *ai,t_atom *aj,t_atom *ak,u8 bck);
+ int (*func_j1e)(struct s_moldyn *moldyn,t_atom *ai,t_atom *aj,u8 bc);
void *pot_params;
unsigned char run3bp;
#define MOLDYN_POTENTIAL_LJ 0x01
#define MOLDYN_POTENTIAL_TM 0x02
#define MOLDYN_POTENTIAL_AM 0x03
+#define MOLDYN_POTENTIAL_AO 0x04
#define LOG_TOTAL_ENERGY 0x01
#define LOG_TOTAL_MOMENTUM 0x02
int create_lattice(t_moldyn *moldyn,u8 type,double lc,int element,
u8 attr,u8 brand,int a,int b,int c,t_3dvec *origin,
- t_part_params *p_params,t_defect_params *d_params);
+ t_part_params *p_params,t_defect_params *d_params,
+ t_offset_params *o_params);
int add_atom(t_moldyn *moldyn,int element,u8 brand,u8 attr,
t_3dvec *r,t_3dvec *v);
int del_atom(t_moldyn *moldyn,int tag);
int pair_correlation_init(t_moldyn *moldyn,double dr);
int calculate_diffusion_coefficient(t_moldyn *moldyn,double *dc);
+int calculate_msd(t_moldyn *moldyn,double *msd);
int calculate_pair_correlation_process(t_moldyn *moldyn,t_atom *itom,
t_atom *jtom,void *data,u8 bc);
int calculate_pair_correlation(t_moldyn *moldyn,double dr,void *ptr);