diff_calc_script

   1 #!/bin/sh
   2
   3 #
   4 # calculate diffusion coefficient within a certain time period
   5 # frank.zirkelbach@physik.uni-augsburg.de
   6 #
   7
   8 do_it() {
   9         echo "$3 `./diffusion_calc $1 | grep coefficients | \
  10               awk '{ print $3 " " $4 " " $5 }'`" >> $2
  11 }
  12
  13 if [ -d $1 ]; then
  14         rm -f $1/diff_coeff.txt
  15         echo "processing $1 ..."
  16         for file in $1/*.save; do
  17                 time="`basename $file | awk -F- '{ print $2 }' | \
  18                        sed 's/\.save//'`"
  19                 if [ ! -z "$3" ]; then
  20                         [ "$time" -gt "$4" -o "$time" -lt "$3" ] && continue
  21                 fi
  22                 do_it $file $1/diff_coeff.txt $time
  23         done
  24 else
  25         echo "not a valid directory -> $1"
  26         exit
  27 fi
  28
  29 # gnuplot
  30
  31 ddir=$1
  32 dfile=$ddir/diff_coeff.scr
  33
  34 cat > $dfile <<-EOF
  35 set autoscale
  36 unset log
  37 unset label
  38 set xtic auto
  39 set ytic auto
  40 set title 'Diffusion coefficients'
  41 set xlabel 't [fs]'
  42 set ylabel 'D [cm cm / s]'
  43 set terminal postscript eps enhanced color solid lw 1 'Helvetica' 14
  44 set output '$ddir/diff_coeff.eps'
  45 EOF
  46
  47 echo -en "plot " >> $dfile
  48
  49 komma=0
  50
  51 if [ ! -z `echo $2 | grep a` ]; then
  52         [ "$komma" = "1" ] &&
  53                 echo -en ", " >> $dfile
  54         echo -en "\"$1/diff_coeff.txt\" u 1:2 w l t \"a\"" >> $dfile
  55         komma=1
  56 fi
  57
  58 if [ ! -z `echo $2 | grep b` ]; then
  59         [ "$komma" = "1" ] &&
  60                 echo -en ", " >> $dfile
  61         echo -en "\"$1/diff_coeff.txt\" u 1:3 w l t \"b\"" >> $dfile
  62         komma=1
  63 fi
  64
  65 if [ ! -z `echo $2 | grep t` ]; then
  66         [ "$komma" = "1" ] &&
  67                 echo -en ", " >> $dfile
  68         echo -en "\"$1/diff_coeff.txt\" u 1:4 w l t \"t\"" >> $dfile
  69 fi
  70
  71 echo -en "\n" >> $dfile
  72
  73 gnuplot $dfile
  74