double debug; /* debugging stuff, ignore */
} t_moldyn;
+typedef struct s_pcc {
+ int o1;
+ int o2;
+ double dr;
+ double *stat;
+} t_pcc;
+
+typedef struct s_ba {
+ int *acnt;
+ int *bcnt;
+ int tcnt;
+} t_ba;
+
/*
*
* defines
int moldyn_bc_check(t_moldyn *moldyn);
int moldyn_read_save_file(t_moldyn *moldyn,char *file);
+int moldyn_free_save_file(t_moldyn *moldyn);
int moldyn_load(t_moldyn *moldyn);
+int process_2b_bonds(t_moldyn *moldyn,void *data,
+ int (*process)(t_moldyn *moldyn,t_atom *itom,t_atom *jtom,
+ void *data,u8 bc));
int get_line(int fd,char *line,int max);
int pair_correlation_init(t_moldyn *moldyn,double dr);
int calculate_diffusion_coefficient(t_moldyn *moldyn,double *dc);
+int calculate_pair_correlation_process(t_moldyn *moldyn,t_atom *itom,
+ t_atom *jtom,void *data,u8 bc);
int calculate_pair_correlation(t_moldyn *moldyn,double dr,void *ptr);
+int bond_analyze_process(t_moldyn *moldyn,t_atom *itom,t_atom *jtom,
+ void *data,u8 bc);
+int bond_analyze(t_moldyn *moldyn,double *quality);
int visual_init(t_moldyn *moldyn,char *filebase);
int visual_atoms(t_moldyn *moldyn);